王弼造反让朱允炆及其幕僚有些措手不及，虽然朱允炆曾经设想过王弼会造反，但其幕僚却没有这么想过。可以肯定的说，王弼造反是不可能成功的，这场叛乱的平复只是时间问题。也许王弼对这一点也很清楚，就拉上了周王，只是不清楚周王是自愿的，还是被迫的。
朱允炆第一时间下令，抓捕开封周王府僚属，调查事实真相，软禁周王的子女和王妃，剥夺周王护卫，由河南都指挥使瞿能负责执行。
至于王弼，也是同样待遇，剥夺其定远侯爵位，抓捕其在京家属，等候处置。
并诏令河南、山东进入紧急状态，随时北上增援，严令长城沿线的大同、北平、广宁小心防守、坚壁清野，不让周王叛军获得任何一粒粮食。大宁地处塞外，粮食肯定不足，朱允炆想以这种方式遏制叛军的发展。
最后派都察院左都御史练子宁北上，调查此事王弼兵乱的真相，并招抚叛军，被蒙蔽的明军，只要放下武器，就可以不被追究其责任。
这些圣旨发下去之后，朱允炆才有心思处理京师的事情，在武英殿设立军机处，调魏国公徐辉祖、开国公常升、曹国公李景隆、长兴侯李景隆、兵部尚书齐泰、户部侍郎卓敬入军机处，作为此次平叛的指挥中心。
九月十五日，朱允炆召集了第一次军事会议，列席的是军机处的人员以及王度、黄子澄、何福、顾成等人。
朱允炆看着济济一堂的众人，痛感手中人才的匮乏，能打仗的都老了，第二代的又太年轻，没什么作战经验，李景隆是个草包，徐辉祖经验不足，常升的能力还看不出来；其他的人都是书生，谈论起来头头是道，但实用性怎么样，就只有天知道了。
首先，朱允炆令齐泰介绍一下情况，齐泰领命，在桌子上摆上一幅地图，用指挥棒指点着解说。
“据辽东都指挥使耿璇和武定侯郭英、安陆侯吴杰报告，钦差傅让和王德是八月十七日从广宁出发，但之后就没有了消息。因为耿璇等人根据皇上的密令，加紧戒备，所以在八月二十六日，广宁军发现了大宁军的异动，郭英、耿璇等人紧密防守，并向北平发出警报。”
“八月二十七日，王弼在大宁向四方发布檄文，以周王的名义，要求给蓝玉平反。檄文以六百里加急到京师，宋国公冯胜闻讯自杀。”
“九月十日，王弼帅军佯攻北平，实际突袭开平，开平守将徐忠猝不及防，弃城而走，撤入喜峰口，王弼没有试图攻击喜峰口，而是徐徐撤回。”
“大体上就是这样子。”
齐泰说完后，众人并不惊讶，因为所有的消息之前都公布过了，只不过没有这么系统，这么详细而已。
朱允炆笑了笑，道：“诸位都是大明的栋梁，一起来议一下吧。耿老将军，你先来吧。”
耿炳文资格最老，已经六十四岁了，他站起来，拱手道：“皇上，臣有几个问题想问一下。第一、王弼的兵力、粮草各有多少？如果我军坚壁清野，他们能坚持多久？”
“第二、开平的徐忠的损失情况如何？”
“第三、长城沿线的防守如何？”
“第四、能否尽快查清王弼造反的主要原因？”
众人的目光都转向了齐泰，齐泰站起来，朝朱允炆拱了拱手，道：“耿老将军，大宁原有兵力八万人，出击漠北抽调了四万人，剩余的四万人归王弼统领，周王增援大宁，带了四万人，所以兵力仍然是八万。大宁的粮食目前主要靠北平、广宁运输，而大宁城会保持三个月的存粮，然后每两个月运送一次。所以大宁的存量最多为五个月，最少为三个月。”
“根据兵部的档案，上次运量是八月一日，所以到现在卫士，大宁的存量应该够三个半月的使用。”
“徐忠的损失不大，根据报告，大约五千人左右。”
“长城沿线的防守应该不会有太大的问题，大宁军的装备主要是骑兵和战车，没有攻城设备，短时间应该无虞。”
“至于王弼造反的原因，目前还不清楚。这个恐怕需要靠锦衣卫了。”
众人随之看了看坐在朱允炆下首的一个中年人，正是锦衣卫北镇抚使封行健。听到齐泰的话语，他站起来朝众人拱手，然后道：“末将首先要要皇上请罪，没有及时发现王弼的造反，我下面汇报一下从大宁来的情报。”
“八月二十日，传旨钦差傅让、王德进入了大宁。进城后，他们直接去见了王弼，当时没什么异常，因为王弼还留傅让吃了顿饭。第二天，也就是二十一日，傅让去见了周王，似乎是正常的觐见。”
“之后的两天，傅让和王德在大宁城中闲逛，当时锦衣卫的主要关注点是王弼和周王，所以并不知道傅让、王德去了哪里。”
“在二十三日的晚上，王德回家见了王弼，时间大约是亥时，这是他第二次回家，酉时他曾经回家吃饭，傅让并没有去。”
“过了一刻钟的时间，王弼的卫队就出动了，朝大宁城西出动。锦衣卫不敢靠近，所以不知道王弼的卫队做了什么。”
“王弼的卫队回来时，已经快到子时了。锦衣卫觉得不对劲，所以一直在王弼府外盯守，但整个晚上都很平静。”
“之后几天，也是一切正常，只是到了二十七日，王弼的军队却突然包围了周王府，接着就发生了兵变，接下来的事情大家就都知道了。”
看着众人迷惑、紧张的神情，封行健却没有得意之色，道：“锦衣卫后来去调查过王弼的卫队那天的去向，可惜那个锦衣卫却一直没有回来，所以王弼的卫队做了什么，现在没有人知道。”
“由于锦衣卫人手不够，所以没法掌控大宁城的情况，加上之前也没想过会出这样的事情，所以末将要向皇上请罪，并请求皇上允准锦衣卫增加人手，杜绝此类事情的发生。”
此言一出，在场的众人脸色一整，看向了封行健，锦衣卫加上各地驻防的人员已经接近两万人了，这还是明面上的，暗桩不知道有多少，竟然还要增加？不由得回头看了看朱允炆。
看着大家的眼神，朱允炆笑了笑，道：“扩张人手的事情，下来再说，现在说说你们锦衣卫的结论吧。”
“是，皇上。”
“锦衣卫认为，事情的关键在傅让身上，因为从二十三日之后，傅让就再也没有出现过，末将估计他恐怕凶多吉少。他在城里闲逛时，必然发生了什么事情，而这个事情对王弼极端不利，王德发现之后禀报了王弼，王弼派人干掉了傅让，谋杀钦差视同谋反，所以他不得不仓促起兵，至于周王是被迫的还是自愿的，锦衣卫还没有结论。”
“难道是王弼谋反的证据被傅让发现了？”王度问道。
“有这个可能。”
封行健说完之后，大家也讨论了一会儿，但没有结果，资料太少。
朱允炆叹息了一下，傅让，这个傅友德托付给他的爱子，就这么消失了，唉。
最后朱允炆总结道：“王弼谋反的事情，锦衣卫要尽快查实，另外傅让的下落，朕要求活要见人，死要见尸，明白吗？”
“末将领旨。”封行健跪地领旨，满心欣喜。
交代完锦衣卫的事情后，朱允炆转过头来，道：“王弼谋反的原因就讨论到这里，下面大家讨论一下，如何应对？谁先说？”
曹国公李景隆这次站出来，道：“皇上，如今王弼虽然被限制在长城以外，但王弼乃功勋宿将，一旦让他突破长城，恐怕会酿成大祸，所以臣建议派重将驻守北平，一是为了加强长城防线，二是为了安抚地方，如今开平军溃入喜峰口，燕王病重，地方急需安抚。”
看着李景隆的样子，齐泰有些不高兴，就道：“北平不是已经有都督杨文了吗？杨都督也是宿将，弹压地方，对付王弼，本官以为足够了。”
齐泰的话都说到这个份上了，众人也不敢公开说杨文能力不行，也许有些人心中这么想，但是这种得罪人的事情，在这种场合，大家都不愿意说，所以就有些冷场了。
最后只能靠朱允炆自己做决定，他做了一个折中，任命耿炳文为征虏大将军，赴北平督战，统一指挥大同、北平、广宁诸军，限期三月剿灭王弼。其中杨文、耿璇、陈瑄为副将，统归耿炳文指挥。
会后朱允炆留下了耿炳文，要求其以守为主，不要轻易出战，拖死王弼，另外要留心北平驻军的情况，如果有异变，及时镇压。
最后，朱允炆给了耿炳文一个承诺，如果事不可为，立刻逃回真定，瞿能负责接应。
耿炳文对朱允炆的最后一个承诺有些莫名其妙，不过还是躬身表示谢意。
之后的几天，朱允炆将锦衣卫进行了改组，新设立了调查司，司长为封行健，负责调查国内贪腐、谋反等类事务；另外设置了情报司，司长为铁无尘，是从武学的参谋中挑选出来的，今年二十五岁，擅长情报分析，职责主要是获取国内的反叛势力和敌国的情报。这两者都直属皇帝，可以根据皇命逮捕人犯，但没有审讯的权力，审讯由刑部、大理寺负责，他们可以提供证词和旁听。另外将南镇抚司改组为宪兵司，负责监察调查司和情报司的不法行为，司长蒋伯涵。至此，朱元璋设置的锦衣卫只剩下了依仗和警卫的工作，人数也大为减少。
当封行健、铁无尘、蒋伯涵心情复杂的到新部门上班时，耿炳文一行人沿运河北上，到达了山东盱眙。