看到了火帽枪研制的可能性，朱由检迫不及待，在武英殿召开枢密大臣会议。
这次会议，有袁可立等枢密院官员参加，还有施凤来、徐光启等有枢密大臣加衔的朝堂大臣。
兵科给事中因为要审核有关军事的诏书和命令，所以同样与会。
朱由检首先关注了枢密院成立的进展，尤其是各部组建。
得知参谋部已经成立作战司，由杨嗣昌率领制定作战方案后，满意地点了点头，夸赞了袁可立几句：
“枢密院成立的目的，就是为了更好的作战。”
“作战司是重中之重，所有机构组建都要以利于作战为中心。”
再次强调作战司的重要性，确定它枢密院第一司的地位。
这个司的司长，现在是副总参谋长兼任，以后也成了惯例。
除了作战司外，参谋部最重要的是通信司。
作为主管军令的机构，通信司对参谋部至关重要。军事命令下发，都要经过通信司。它的下属机构，有机要厅、通信管理厅、通信兵训练厅、档案室，以及通信研究所等。
朱由检原本打算把这个机构放在锦衣卫负责的情报部，但是被兼任总参谋长的袁可立争了过去。
考虑到参谋部对通信的依赖，朱由检同意了这一点。打算让通信司负责正常军令，情报部负责秘密通信。quwo.org 橙子小说网
除此之外还有职方司，是从兵部职方司转来的。相比原本的职责小了一些，主要负责舆图和军制。
它的职责，可以看做编制司，确定各地军队的编制和防区。
朱由检命职方司为各地军队确定番号，规定所有的营级以上编制，在原本名称之外，都要有数字番号：
“《周礼》曰：五卒为旅，五旅为师，五师为军。”
“未来的大明军队，要按军师旅编制。”
“军以一位数字编号，师以两位数字编号，旅以三位数字编号，后面再加一位数字，代表所辖的营。”
“例如东江镇第一旅番号是331旅；它下面的第一营，番号就是3311营。”
“以此类推，给所有营级以上军队编号。”
“以主将姓氏称呼的营号，以后不准再用。”
“枢密院以后要给各军授旗，不要因为主将改动就用新旗帜。”
“下达军令的时候，也要以番号称之。”
这是在军中淡化主将的影响力，枢密院官员以文官为主，自然十分赞同。
袁可立又询问道：
“若以边镇为师，军又如何设置？”
朱由检对此早有考虑，回应道：
“军非常设编制，只在大战时设置。”
“平时还是以镇为最高编制，镇可以看做是权限更大、独立镇守一方的师。”
“如今辽东在和建虏大战，辽东一带的兵马，可编为辽东方面军，撤销辽东镇编制。”
“原辽东镇的宁远、锦州、塔山等总兵，麾下兵马可编为师。”
“山海关和东江的兵马，仍旧独立设镇。镇的自主权力更大，平时独立管辖，只在大战时服从辽东方面军指挥。”
这下群臣听明白了，皇帝这是在镇这一级之上，增设军级编制。
军下面直属的兵马被称为师，外面独立镇守一方的则称为镇。两者级别一样，都由总兵统率。
师和镇下面都设旅级编制，由副总兵转任的旅将管辖。
旅下面设置的营，就是基本作战单位――
这也是现在的枢密院，有可能管辖到的最低一级编制。
李邦华负责京营整训，询问道：
“边军如此，京营又如何如何编制？”
“三大营和下属的参将营、游击营、佐击营等小营，应该如何改动？”
朱由检这一年多早就摸清了京营的编制，回应道：
“京营可称京军、禁军，以第一方面军称之，麾下番号以1开头。”
“三大营看作师级编制，五军营、神枢营、神机营这三个旧称呼可以保留，正式番号为11师、12师、13师。”
“三大营总兵和副总兵直接统率的兵马，可以编制为旅，最高统兵一万人。”
“参将营仍是统兵六千，游击营和佐击营统兵三千，作为三大营直辖的独立营。”
“李卿整训的时候，可以把这些营按甲乙两等区分。战力强的编为甲等营，营长可提升为参将甚至更高。战力弱的编为乙等营，营长由佐击将军、游击将军担任。”
“明年西南兵马奏凯献俘后，朕会举行一次校阅，确定甲等营、乙等营。”
对京营的整训，朱由检非常慎重。避免胡乱改动，造成人心不稳。
所以他对京营的编制基本没有大动，只是加上数字番号。延续原有的办法，对京营进行整训。
这样虽然不能让京营脱胎换骨，战力至少不会降。避免大改编制，短期内战力丧失。
李邦华听到之后，心中已经有了底。知道皇帝暂时没有按巡捕营那样对京营大改的想法，只是让他整训。
袁可立这时又询问道：
“边军和京军如此，地方卫所又如何编制？”
“还有各地督抚的标营，应该要如何编？”
朱由检对此早有全盘考虑，回应道：
“依朕之见，卫所体系和边防体系要明确。”
“如今九边各镇，基本是总兵镇守、副总兵协守，还有分守、守备。”
“这是总兵镇守体系，是边军常用的编制。”
“卫所则早已成为兵源，指挥、千户这样的卫所军官，才能在镇守体系当把总。”
“以后朕就明确，卫所主要是提供兵源，兼有守卫地方责任。”
“卫所的军官、军士、军户需要服役的，编入地方防卫军。”
“防卫军和边军一样，按总兵镇守体系任命官职，以后统称为边防军，由边防部训练管理。”
说着，他转向兵部右侍郎秦士文，任命道：
“边防部部长，由兵部右侍郎秦士文署理，加从二品枢密同佥衔。”
“下设训练司、步兵司、骑兵司、炮兵司、车兵司、工兵司等机构，负责各兵种训练管理。”
然后又向一众枢密大臣道：
“以后地方都司，要和兵备道等护军机构合并，统一称为都护司，或者都护使司。”
“都护使和布政使、按察使级别相同，统一定为正三品。”
“卫所由都护司管辖，下设卫所厅、兵备厅等机构。”
“原都司和兵备道的官吏，改为都护司官吏。”
“地方卫所由都护司管理，从卫所选拔的防卫军，由兵备道、守备区协同将领管理。”