“这里是哪里啊”迷路的小智一行在傍晚走到了大海边“一望无际的大海啊，我终于见到大海了，终于可以垂钓了”小霞看到是大海后高兴地说道，这几天看到的除了森林，还是森林，让她整个人都不好了。
“那边有个灯塔”这时小刚看着远方说。
“我们向灯塔前进，我正想在这地方训练一下呢，顺便给小霞讲解一些水系精灵知识”“不错，要训练，要给新来的训练”小智和皮卡丘高兴地率先向灯塔行进了，“小智等等我们”小霞他们也追了上来。
“你好，请问有人吗”到了灯塔的前门后，小智按完门铃问道。
“是谁啊”从里面传来了一位青年的声音。
“我们是迷路的旅行者，天色有些晚了，所以打扰一下”小刚这时接着回答道“如果可以借我们用一下厨房的话，我会给您做最好吃的炒饭”。
“你会炒面的话我就放你们进来了”青年随后说道。
“会啊大饼，炒饭，烤肉什么都没有问题”对于小刚来说都不是个事。
“我有大木博士专属的泡面你要吗”小智突然插了句话。
“泡面那也不错，等等，大木博士，原来你们认识大木博士，那就快请进吧”语音一挂，门便自动打开了。走进灯塔，迎接他们的是一只巨大的化石盔，吓坏了小智以外的众人。
“这是化石盔，是已经灭绝了的神奇宝贝，这里怎么会有一只”“实在抱歉，我被困在这个装置里出不来了，你可以帮我按一下这里的开关吗”
小智无奈的走上去按下了化石盔肢脚，一个年轻的青年从里面钻了出来。“不好意思，实在没想到化石盔的脚那么短，设计的时候没注意到。大家好我叫正辉，是这座灯塔的主人，欢迎各位来到这里”说完，正辉将目光转向小智“你就是大木博士说的小智吗”
“你怎么知道的，正辉博士”小智可不记得他来过真新镇。
“你拍到凤王的画面大木博士都跟我们几个说过了，没想到你能遇见那么稀有的神兽，跟我说说当时的情况吧”说完正辉便满眼期待地看向小智。然而小智心想“如果让你们知道以后我还会遇到天空之龙裂空座，风暴之神洛奇亚，反转之神奇拉帝纳，空间之神帕鲁奇亚，时间之神帝牙卢卡和创世神阿尔宙斯那样的你们还不把我切片研究啊”
“我可以借用一下电话吗”小智问道，小智已经很久没和大木博士说话了。“那边不是有公用电话吗”青年的声音继续说道。“我需要的是能传送神奇宝贝的电话”小智解释道。
“喂”小智拨通了大木博士的电话，不过为什么他又在吃东西，这次换成火锅了。
“小智啊，你终于来电话了，都过了那么久才来电话，你妈妈都想你了”刚出现画面，大木博士就说道。“这个先不管了，大木博士，你把我发现凤王事都告诉了谁”小智巧妙的专移了话题。
“放心，我只告诉了各地的博士们，他们保密性极强的，所以不用担心”大木博士看出了小智的担心，先给他一剂定心丸。接着又问“小智，你这次打电话来是要干嘛”
“我想换一下神奇宝贝，这里有一场大战需要他们”
“阴白了，你把手上的传送过来吧，还有你抓的大钳蟹也太小了吧”
“博士，别看他小，实力可是很强的”
“我还不知道你，没有潜力的你也不会抓”
和大木博士把神奇宝贝换好后就挂了，接着打给妈妈，至于正辉让他在一边继续干等。
花子出现在屏幕上，看到小智先是一场高兴，然后又突然大哭，还不断拿出手帕擦眼泪“小智，你是不是不要妈妈了，那么长时间都不打电话来，是不是到叛逆期了（不想水字）”
看到妈妈又是这样，小智和皮卡丘不会让事情越变越糟糕的“妈，你说什么，这些时间没打给你是因为我们迷路了，没有神奇宝贝中心，不能给你打电话，你想到哪去了，而且我保证下次带个女朋友总可以吧”。
听到儿子的答复，花子又马上变脸，笑嘻嘻的和小智说“原来如此，看来妈妈错怪你了，妈妈给你赔不是，但是必须尽快找个女朋友回来”。小智的嘴角抽了抽，和花子聊了一会就挂了。
小智打完后看到还在等他的正辉，有点不好意思让对方那么辛苦一直等着自己，只能和他扯天扯地的聊着。
“我现在正在等待一只独一无二的神奇宝贝”这时正辉继续说道。
“独一无二的神奇宝贝”小刚听到后重复说。
“那个神奇宝贝，大概是这个世界上最大的，任何人都没有看过他的真面目而且那个神奇宝贝正在寻找它的同伴，而徘徊全世界，我想揭开它的面纱，所有我模拟了和它一样的信号发了出去”大家跟着正辉一起到了灯塔的顶部后，正辉继续说道。
小智知道这是一只巨大快龙，但小智觉得这是一件不好的事情。
“我劝你最好不要”小智必须阻止正辉“当你看到它后该怎么办呢”
“这个，我会给它拍照，记录，让世界知道它的存在”其实正辉没想过接下来的事情，说的有点仓促。
“那你恐怕要接受它的怒火，如果知道同伴是你话恐怕就会有大灾难的”
正辉也突然意识到了自己的仓促，决定先停下来，等准备好后再来见证这个神奇宝贝。
就在这时那个巨大的身影慢慢的靠近灯塔，这时小智放出了所有神奇宝贝并解开了封印（小智一开始的六只神奇宝贝都有波导加载的封印），“美纳斯，你去山后面看看有没有火箭队，有的话用水炮打飞他们”
等那个巨大身影靠近时才发现是一只巨大的快龙，所有人吃惊的说不出话来一动不动。
“你好快龙，我想和你进行一场对战，看看我的神奇宝贝极限”快龙先是一愣，不过很快就恢复过来，它对这个人类感到兴趣。
“没想到还有人类会跟神奇宝贝沟通，你的挑战我同意了，放出你所有精灵一起攻击吧”
小智知道快龙说的是真的，便将精灵全部放了出来，皮卡丘一跃你站在这里了（美纳斯去找火箭队了，所以不在这里）“有些是我没见过的神奇宝贝啊，那就让你先攻吧”快龙扫了一眼小智的神奇宝贝，发现就认识皮卡丘和电击兽，其他的一个都不认识。
小智点头下令道“路卡利欧和大师鼬使用波导弹，火焰鸡使用喷射火焰，电击兽和皮卡丘使用十万伏特攻击”
路卡利欧和大师鼬的波导弹要命中时，快龙用两只手把波导弹打飞出去，这时候喷射火焰和十万伏特则命中了快龙，快龙想反击的时候，身体则动弹不得。
小智高兴的说道“太好了快龙麻痹了，就是现在路卡利欧，大师鼬，火焰鸡，电击兽冲上去使用近身打，拿出所有格斗式绝招，皮卡丘随时注意快龙动作”“主人我回来了，我也想参加战斗”这时美纳斯回来了，而小智用波导回道“你先躲起来，我总觉得快龙还有后招，到时候你出来给他致命一击”
小智的神奇宝贝速度快，快龙的速度更快，直接一发水炮打向路卡利欧，而路卡利欧直接使用骨气一击将水炮格挡下来了。
快龙直接呆住了，没想到有人能挡下他的水炮攻击，这在这个时候大师鼬，火焰鸡和电击兽的爆裂拳命中了快龙。
快龙迅速反应过来，准备使用破坏死光，就在这时快龙的身体尽然被冰冻住了，原来在爆裂拳命中快龙时，小智就像美纳斯下令，让他弄急冻光线封住快龙的行动，所以才有现在的这一幕。
趁快龙被冰冻住，小智立即下令解决战斗，不到一会快龙就坚持不住倒了下来，小智抓住机会使用超重球终于收服了快龙。
“太好了，终于结束了”小霞他们直接坐在地上，快龙的出现和激烈的战斗把他们都吓坏了。这时小智走了过来并用电话把超重球和精灵球传送给大木博士，因为刚才的战斗大家都受了伤，小智警告大木博士超重球里的精灵必须先看过资料才能放出来。
而在研究所里的大木博士接收完精灵球，并把之前传送过来的传送回去，才有时间检查超重球里的精灵，没过一会大木博士叫道“辛好先看了资料，否则放出来研究所就毁了，因为电脑上显示，快龙身高30米”。